В проекте все файлы одного разрешения, но это могло бы быть проблемой. В секвенцию загонять не пробовал, но в течении дня решил проблему так: удалил все установленные кодеки и переустановил вегас, после чего родные кодеки черный экран показывать перестали. Вывел в одном из форматов и потом перекодировал в нужный уже с помощью другого декодера.
Решив проблему, решил поэкспериментировать с кодеками. Поставил официальный пакет DivX. Картинка была, но с искажениями. После установки ffdshow проблема с черным экраном вернулась)
